本作の舞台は、混沌とした近未来の日本。マッドサイエンティスト “キーマン “は、人間を突然変異で、どんな傷からも奇妙な武器を生み出す怪物 “エンジニア “と呼ばれる生物に変えてしまうウイルスを作り出した。この新たな脅威であるエンジニアに対処するため、東京警察は民営化され、「エンジニア・ハンター」と呼ばれる特殊部隊を創設した。しかし、一般的な警察とは異なり、エンジニアハンターは暴力、サディズム、路上処刑を駆使して法と秩序を維持する民間の準軍事組織である。
反社会的で自傷癖のある一匹狼のルカは、エンジニアを始末することに長けている。彼女は警察の手伝いをする傍ら、白昼堂々謎の暗殺者に殺された昔気質の警官である父親を殺した犯人を探している。やがて瑠香のもとに、キーマンを追い詰める新たな事件が舞い込む。
