数百年前、人類は巨人によって絶滅させられそうになった。巨人は通常、数階建ての高さで、知性を持たず、人間を食い尽くし、最悪の場合、食料としてではなく、快楽のために行うようだ（出典：「巨人」）。ごく一部の人類は、巨人の最大サイズよりもさらに高い、極めて高い壁で守られた都市に身を寄せて生き延びた。
現在に至り、街は100年以上巨人の姿を見せていない。10代の少年エレンと養女のミカサは、突如現れた超大型巨人によって城壁が破壊される惨状を目撃する。小型の巨人が街に溢れ、母親が生きたまま食われるのを子供二人は恐怖の眼差しで見つめる。エレンは巨人を一人残らず殺し、全人類のために復讐することを誓う。
