日本のポップカルチャーやサイバーカルチャーにどっぷり浸かって育った高校生たちの生活は決して楽なものではありません。いじめっ子、異星人の両親、セックスと死に関する薄気味悪い写真など、ティーンエイジャーの悪境を切り抜けながら、理由なき反抗者たちは、ポップスターの救世主リリイ・シュシュに聖域と救済を求め、彼女の切なく夢のような歌を受け入れ、チャットルームで恐怖や秘密を共有します。日常的なトラブルに巻き込まれた彼らの人生は、リアルとバーチャルのアイデンティティの致命的な衝突、無邪気さからの最後のログオフという形で、必然的にクライマックスを迎える。
リリイ・シュシュのすべて』は、星野俊介と蓮見祐一という二人の少年が、初めて出会った中学生時代から中学2年生までを描いている。物語の中盤、中学の2学期が始まった直後から、1学期や夏休みにフラッシュバックし、現在にスキップする不連続なストーリー展開となっている。