咸鏡南道(現北朝鮮)生まれ。慶熙大学を中退し、1974年に『ファンニョ』で監督デビューを果たす。
いわゆる「映像の時代」の韓国映画監督で、70年代の韓国映画のベストセラーをいくつか作った。1970年代の韓国映画界は、外国からの輸入品、テレビの普及、朴正煕の軍事独裁政権による息苦しい検閲といった難題に直面しなければならなかった。
キムは監督としてのキャリアを、検閲がある程度許容した数少ないジャンルのひとつである「ホステス映画」と呼ばれるものからスタートした。金正恩は、検閲による定型的な映画製作の制限にもかかわらず、ローカルな映画でも個性的で売れることを示し、仲間の映画作家たちを刺激した。1977年に監督した『冬の女』は、チケット販売数において1970年代の国産映画のベストセラーとなり[1]、1990年の『将軍の息子』までその記録を保持することになった[2]。
2007年からは、韓国映画監督協会(KFDS)のシニア・アドバイザーを務めている。