防衛庁長官・大文字茂は、仮面ライダーメツボジンライの抹殺を矢井波ユアに命じた。その指令に躊躇しているうちに、ライダー自身がヴァルキリーに狙いを定めてしまう。一方、元ソーズたちは、ザイア・エンタープライズを離れて初めて自由を手に入れ、A.I.M.S.と全面戦争に挑む。仮面ライダーメツボジンライの誕生を目の当たりにした不破勇は、彼らの真の目的を探るために調査を行う。仮面ライダーメツボジンライもソルズも拒否し、自らの正義を貫くユアと、仮面ライダーバルカンとしての最後の使命を果たそうとするイサムの運命は…?
(出典:kamenrider.wikia.com)