20年前の日本。ウルトラマン、セブン、ジャック、エースのウルトラ4兄弟は、ヤプールという凶悪な敵と戦っていた。かろうじてヤプールを倒すことができたが、ヤプールを封印する必要があった。しかし、ヤプールを封印するために、彼らは変身能力を捨て、怪獣の復活に備えて神戸で仕事をすることを余儀なくされた。
20年後、ヤプールはエイリアンの連合軍によって再び海から蘇り、メビウスはエイリアンやヤプールと戦うことになる。しかし、メビウスが負けそうになったとき、ウルトラ兄弟がヤプールやエイリアンとの戦いでメビウスを助けるためにやってきた…。
本作の舞台は、「メビウス」シリーズの中盤にあたります。クルーGUYSジャパンのメンバー全員が登場し、レオと80は登場しないし、映っていない。実際の映画の配置は、シリーズの順番で明示されていません。映画の出来事の始まりは、80シリーズの後の出来事と推定される。
