1990年代初頭、日本で秘密裏に行われた実験がある。実験には2種類の方法が用いられた。一つは、妊娠中の親にストレスを与え、生まれてきた赤ちゃんに突然変異を起こさせ、特殊能力を身につけさせるというもの。もうひとつは、動物や昆虫のような能力を持った赤ん坊を産むというもの。その特殊能力は、遺伝子操作によってもたらされたものだった。その実験から生まれたのが、スバルやサヤたちである。
スバル(岡田将生)は、驚異的な力と視力を持つ。超聴覚を持つサヤ(成海璃子)。二人は同じ施設で育った。二人は外務次官の渡瀬恒一郎(伊原剛志)の下で働き、政治家としての高い志を抱いていた。そして、渡瀬恒一郎は彼らに、有力政治家の家出娘を探すように命じる。家出少女が持っているのは、ある秘密のファイル。スバルやサヤたちは、殺戮集団 “アゲハ “と関わることになる。一行は学(染谷将太)が率いていた。