本作は、ST（サイエンティフィック・タスク・フォース）と呼ばれる特殊犯罪捜査班に配属された、一癖も二癖もある警視庁鑑識官たちの活躍を描いた2014年の日本テレビ系人気ドラマのその後を描いている。映画では、チームの分析官・赤城左門が黒焦げの死体が発見されたことで殺人容疑で逮捕され、その後STは解散してしまう。
エリート警部の百合根友久は赤木の有罪を信じず、赤木の脱獄をきっかけに、天才ハッカー鏑木が使う新型コンピューターウイルスの調査を開始する。やがて彼らは、鏑木とウイルスに関する情報を持つ謎の女、堂島直美を突き止める。
