怪獣は太古の昔から人間と共存しており、「特務機関」は怪獣同士のコミュニケーションを図るために作られた。しかし、近年はその使命から逸脱し、モンスターを監視下に置き、人間との交流を制限する政策がとられている。
新入社員の呂紀は、人間に生息地を奪われ、苦悩する怪獣たちに共感する。しかし、人間側に有利な政策に疑問を感じ始める。しかし、自分がモンスターであることを知ったとき、自分の役割に対する葛藤はますます強くなる。モンスターと一緒になって人間の高圧的な政策に反撃するべきか、それとも人間側について人間の安全を脅かすものをすべて排除するべきか？
