1980年代、悪の宇宙人「インベーダー」が、大怪獣などを使って地球を征服しようとしていた。その調査に当たるのが、サイエンス・ガード・メンバー（SGM）と呼ばれる組織である。しかし、もうひとつの希望は、本人も知らない、この世のものとは思えないほどの力を持った人物からもたらされる。SGMのリーダーである御手洗教授が、ついに育ての親であるフォトジャーナリストの鏡京太郎にある秘密を打ち明ける。京太郎は、自分が実は2次元のスーパーヒーロー、ミラーマンの息子であることを知る。
しかし、初代ミラーマンはインベーダー最強の怪獣キングザイガーに倒され（第14話で説明）、息子のキョータローは生き残り、同名の怪獣と同じ力を持っている。当然、その運命を受け入れることはできなかったが、やがて自分を暗殺しようとするインベーダーから地球を救うことができるのは自分しかいないことを悟る。ミラーマンに変身するには、鏡や水面など反射するものの前に立ち、ミラーペンダントを点滅させ、「ミラースパーク」という言葉を発する必要がある。
