トウマとその仲間たちがストリアスから世界を救ってから8年。トウマは須藤メイや新しい仲間のマミヤに助けられながら、両親を亡くした11歳の少年、リクの世話をしている。両親を亡くした11歳の少年・リクを、統馬は父親として見守るが、少年は微笑むことなく過ごし続ける。一方、健人は翻訳家になり、恋人の橘ユイナとの婚約を心待ちにしていた。
しかし、「ロゴスの剣」のメンバー内では、次々と剣士が姿を消すという恐ろしい事件が起きていた。その調査に派遣された進藤凛太郎は、凛太郎の実父だと名乗る新生仮面ライダーファルキオンに遭遇する。その事実に倫太郎が戸惑う中、新生ファルシオンは統馬と健人の二人を襲う。
アメイジングセイレーンの恐るべき力の秘密とは？そして、最後の未解決事件をトウマたちはどう解決するのか？
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