世界最強の企業であるスマートブレイン社は、人類の進化の次の段階であるオーフノックを使って、密かに人類を滅亡させる世界征服を企んでいる。それを追い求める彼らは、ライダーギアと呼ばれる3体のパワーアーマーを開発し（デルタ、フェイズ、カイシャ）、オーフノックのDNA内にある遺伝子構造を破壊して死に至らしめる欠陥を修正できるオーフノックキングを探し出し、保護することにした。
ライダーギアはゴートオーフノックであり、スマートブレインの元チーフであるハナガタによって盗まれる。ライダーギアは花形に奪われ、花形が育てた子供たち（流星児）に送られ、オルフェノクを止めるために使われる。しかし、ライダーギアはオルフェノクが装着するために設計されており、人間は遺伝子改造を受けなければシステムを作動させることができない。
一匹狼の青年・乾巧は、知らぬ間にオーフノクと人間の争いに巻き込まれ、流星地の一人である園田真理の命を救うために仮面ライダーファイズとなる。スマートブレインはファイズギアを奪還するため、彼を狙い始める。
しかし、人間との共存を望む者たちがスマートブレインに抵抗し始め、スマートブレインが彼らを標的にしたため、オーフノッホの間で分裂が起こる。このような「反逆者」であるオーファンドラッグのほとんどは、殺されるか、中立を保つか、あるいは龍生寺の味方としてスマートブレインに対抗するようになる。
東京警察は、一連の奇妙な殺人事件の背後にオーフノクがいることを発見すると、オーフノクを倒すための作戦を開始する。しかし、オルフェノクを破壊するために、捕獲したオルフェノクを使った実験を始めるが、うまくいかない。
海堂直也と菊池啓太郎が助けた少年、鈴木輝夫の中でオルフェノク・キングは目覚める。そして今、ライダーギアの持ち主たちは、人類の存亡をかけて戦うことになる。