若き天才錬金術師エドワード・エルリックは、弟のアルフォンスとともに禁断の人体錬成で死んだ母親を蘇らせようとしたとき、弟と手足2本を失ってしまったのだ。錬金術を駆使し、アルフォンスの魂を大きな鎧に封じ込めたエドワード。
1年後、国家の錬金術師に昇進したエドワードは、弟と共に賢者の石を手に入れる旅に出る。錬金術師の能力を飛躍的に高め、「何かを得るためには、それと同等の価値のものを犠牲にしなければならない」という錬金術の基本法則を覆すことができると噂される伝説の神器である。エドワードは、軍のリ（ソース）に引き込んで伝説の石を見つけ、自分とアルフォンスの体を元に戻そうとする。しかし、エルリック兄弟はすぐに、伝説の石には見た目以上のものがあることを発見し、想像をはるかに超える暗い戦いの震源地へと導かれていく。
