2500年、地球はネオ・デスカルと呼ばれる種族に乗っ取られ、闇に覆われていた。人類のレジスタンスに残った者たちは、ネオ・デスカルの攻撃が始まった2005年にネオ・デスカルを阻止し、未来を変えようと、切り札である流星神軍艦3隻を過去に送り込む。流星神軍艦とともにやってきたのは、アドルイーグル隊の隊長アドとその右腕ゴルド、ビートバイザー隊の隊長ケインと双子のサザエさんアインとツヴァイン、そしてグレートライオを操るレミーである。アドとケインには、祖父が若い頃にレジスタンスのリーダーであるキャプテンシャークと出会い、ナックルクロスを残して2005年に孫がサザエさんXと呼ばれるチームの3人目となる安藤拓斗が加わっている。
Sazer Xは、デスカルと呼ばれる宇宙海賊と戦い、後に先祖を倒した後、未来からやってきたネオデスカルと戦う。シャークサザーの名で知られるキャプテンシャークは、シャークの最大の秘密を握る謎のサザーのような存在であるライバル、ジャッカルと共に未来から遅れて到着する。
