世界中から様々な天才が集まるエリート校、アカデミアアイランド。その中で、天宮祐介、大原譲、見崎めぐみは、矢野卓司、相川まりとともに、宇宙開発に必要な強度を持つスーツの製作を目指した。しかし、同級生で親友の月形健二、千田塁、大村豪の3人は、自分たちの才能が無駄にされていると感じ、科学的潜在能力を最大限に引き出すことを提案する悪の組織「ボルト」に入るために去っていく。その結果、彼らが去っていくのを見たユースケたちは、ケンジに銃を突きつけ、タクジとマリは致命傷を負ってしまう。その直後、学校の教授の一人である星教授が、ユースケたちがヴォルトに対抗するためのスーツを完成させるために協力する。
2年後、ケンジ、ルイ、そしてケンプ博士、マゼンダ博士、オブラー博士となった豪と共に、ヴォルトはアカデミアアイランドを破壊し、攻撃を開始する。その結果、ユースケ、ヨウ、メグミは自分たちが作ったスーツを身にまとい、かつてのクラスメイトやボルトと戦うライブマンとなる。ゴウをヴォルトから引き離したものの、ドクター・アシュラや宇宙人ギルドス、ブッチーが新たなメンバーとして加わる。やがてライブマンは、タクジとマリの弟であるテツヤとジュンイチも加わり、ヴォルトにはリーダーのビアスだけが知っている闇の勢力があることを知ることになる。
