数百万年前、まだ人類がいなかった頃、地球には龍族と海族が住んでいました。
しかし、海とドラゴンは領土をめぐる争いを続け、ドラゴンが反撃しなかったため、宇宙から来たプロトスはドラゴンに12の機械戦闘機と6つの変身マシンを与えた 。両者の力の下で、両者の力は均衡を保ち始めた。
しかし、双方の犠牲者が出たところで、海の民はより適した水の星を見つけ、ドラゴンと和平交渉を開始した。最後に、海の人々は彼らの暴君を封印：地球の海水の容量を担当する海のサメのシール王 ドアの後、彼らはドラゴンとの和平交渉の後、地球を残しました。
しかし、海の民は、彼らが鮫斑王の発明した陸上重機械を贈り物として竜馬戦艦に持ち込んだことはもちろん、それが実は鮫斑陸上再編計画の一環であることも知らなかった 。しかし、思いがけず、地球への惑星衝突の際にドラゴンが消滅し、土地区画整理計画も用無しで自動的に終了してしまったのである。
時が経ち、海族の過激派反乱軍の一部が地球に戻り、数百万年前の栄光を再現するために、異なる神秘的な力を持つスーパーエルフを探し出し、司令官を復活させた。この機械は、現在地球に住んでいる人類を完全に一掃した。
海族の計画を阻止するため、元々性格の全く異なる6人の若者が、龍が残した機械戦機と変身機械を手に入れ、天・地・人の3つの力を持つ戦士に変身させた。” 巨神兵戦闘隊！”。
“巨神兵団、進撃せよ!”
