謎の生物が月の7割を破壊する。そして、来年の3月までに破壊しなければ、次は地球だと警告してきた。さらに、椚ヶ丘中学校3年E組の担任になることを要求する。政府には断れない。
そして、生物は塩田渚を含む落ちこぼれ生徒で構成される3年E組の担任になる。その生物は「コロ先生」と呼ばれる。
一方、政府はコロ先生が超能力を持っているにもかかわらず、生徒たちにコロ先生を殺すように要求する。殺しに成功した者には、100億円の賞金を出すという。生徒たちは混乱しながらも、コロ先生を殺すことを決意する。
そして、コロ先生の授業が始まると、生徒たちは新しい先生と楽しく過ごすことになる。
