女子高生の早川結衣は、弟の尊が作ったタイムマシンで戦国時代の1560年にタイムスリップしてしまった。命がけで萩藩を助けた彼女は、藩主・萩忠孝の嫡男である萩九八郎忠清と恋に落ちる。
忠敬は戦いに勝つことを信条とする、この時代の典型的な武将である。しかし、結衣と忠清のおかげで、その考え方は次第に変わり、二人の結婚も認めるようになる。由比は忠清と婚約する。しかし、和睦したはずの藩の宿敵・小山宗春が、織田信長の家臣・大賀一成の煽りで再び合戦を仕掛けてくる。
大賀の真の狙いは、小山と萩を戦わせ、天下を獲ること。忠清はこの無意味な戦争を止めるため、結衣を残し、先陣のいる城に向かう。唯は、忠清が生きることが真の勝利だと信じていることを父に伝える。彼女は萩藩の砦を抜け出し、彼の後を追う。
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