アクエリアンエイジ』の物語は、人類社会が誕生して以来、互いに争ってきた秘密組織の戦争を軸に展開されます。
ある静かな夜、ある街で怪我をした少年がカナメとイッシンの前で倒れていた。彼はすぐさま二人のもとを離れ、LiveHouse Aeroに乗り込む。アリスナインの演奏が床を熱く温めている。携帯電話で誰かに助けを求めるが、その悲痛な声はかき消されてしまう。その後、誰もいなくなったフロアの壁には、大きな血のついた傷と黒檀の羽が残されていた。翌朝、要は背中の激痛に耐えながら目を覚ます。登校途中、最近面白がってからかってくる直也に、”お前が大変なことに巻き込まれる予感がする “と忠告される。その予感通り、一人で歩いていた彼は何者かに襲われ、自らの運命に導かれ、また新たな日を迎える……。-アジアンメディアウィキ