物語は、謎の少女リタが、スーパー戦隊のヒーローたちを惑星ネメシスに集めるところから始まる。ヒーローたちは、「スーパー戦隊グレイテストバトル」という大会で優勝すれば、どんな願いでも叶えられると告げられる。
500年に一度、時代の転換期に「メビウスコネクト」と呼ばれる宇宙規模の超常現象が起きると言われているが、まさに2019年、平成の世が終わろうとしているようである–。
スーパー戦隊が集結し、「スーパー戦隊最強バトル」が開催される。このバトルの勝者は、”願い “を叶えることができるという。戦場には、次々と召喚された戦士たちが現れる。42体の召喚された戦隊の戦士たちはシャッフルされ、乗り物チームや動物チームなど5人のチームに分かれ、それぞれのチームによる「スーパー戦隊最強決定戦」の対決が始まる。自分たちの願いを叶えるため、「最強」の称号を手に入れるため、激しいバトルが繰り広げられる。
