20世紀少年＜最終章＞ ぼくらの旗

時は2017年、フレンドが友愛民主党で世界を治めてから3年。東京に破壊的なウイルスが発生し、政府は巨大な壁を作り、街を隔離している。8月12日12時、人類は宇宙人によって滅ぼされることが明らかになる。生き残るのは、「ともだち」を信じる者たちだけ…。
レジスタンスはフレンド政府との戦いを続けている。オッチョ（豊川悦司）は、カンナ（平愛梨）が義経（香川照之）率いるレジスタンス組織から離脱していることを突き止める。カンナは重武装をした過激なレジスタンス組織を立ち上げるつもりだ。一方、賢治(唐沢寿明)は、分裂した東京の街に入り込み……。